Die Grafen-Brüder Hartmann und Otto von Kirchberg stifteten 1093 auf ihrem Allod (mittelalterlich: persönlicher Familienbesitz) das Kloster zu Ehren des heiligen Martin. Mit einer solchen Stiftung verbunden war eine Grablege und der Wunsch, für das eigene Seelenheil zu sorgen. Für ihre Klostergründung versicherten sie sich der Unterstützung des Reformklosters St. Blasien, das auch die ersten Benediktinermönche an die Iller sandte.
Die Mönche des ältesten katholischen Ordens leben nach der "Benediktregel". Sie fordert Verzicht auf persönliches Eigentum, Keuschheit, Gehorsam und Ortsbeständigkeit. Die Benediktinerklöster waren nicht nur Orte des Gebets und eines auf Gott ausgerichteten Lebens, sondern auch der Wissenschaft und der Kunst. So trugen die Mönche durch ihre Übersetzer- und Kopiertätigkeit maßgeblich zur Ausbreitung des philosophischen und naturwissenschaftlichen Wissens der Antike und des Orients im christlichen Europa bei. In ihren Klöstern wurde die Buchbinderei betrieben, optische Geräte für die Beobachtung der Himmelskörper entwickelt und die Wassermühlen als Kraftquellen entdeckt. Heute widmet sich der Orden u.a. der Ökumene, der Bibelwissenschaft, der Theologiegeschichte und der Missionsarbeit in Afrika und Ostasien.
Nachdem die Stifterfamilie des Klosters ausgestorben war, erhielt 1508 die katholische Kaufmannsfamilie Fugger (seit 1514 Reichsgrafen) die begehrte Klostervogtei als Dauerlehen von Kaiser Maximilian I. Als Gegenleistung gewährten die Fugger dem Kaiser hohe Kredite. Die Fugger waren seit 1367 in Augsburg ansässig und erlangten vor allem durch Jakob II. Fugger und ihre Handelsgesellschaft Weltgeltung. Sie wurden zu Bankiers von Kaisern und Päpsten, waren einflussreiche Geldgeber und wirkten auch als Mäzene ("Fuggerei": heute noch bestehende soziale Wohnsiedlung in Augsburg). Mit dem Ausscheidungsvertrag von 1701 endete das Verhältnis von Fuggern und Kloster.
Der Benediktiner Werner von Ellerbach stammte aus dem Kloster St. Blasien und gehörte 1093 zum Gründungskonvent von Kloster Wiblingen. Im Jahr 1098 wurde er der erste Abt des neugegründeten Reformklosters.
Der aus München stammende Maler und Freskant Januarius Zick wurde nach seiner künstlerischen Ausbildung in der Werkstatt seines Vaters, in Koblenz, Paris und Rom 1761 zum Kurtrierer Hofmaler ernannt. Er hinterließ neben seinen bedeutenden Fresken in Ottobeuren, Wiblingen, Oberelchingen, Koblenz, Mainz und Frankfurt mehr als tausend Tafelbilder, die vornehmlich beim aufsteigenden Bürgertum begehrt waren. Sein herausragendes Werk steht am Übergang vom verfeinerten Rokoko zur formalen Strenge des frühen Klassizismus.
In den Jahren 1808 bis 1822 diente das säkularisierte Kloster Herzog Heinrich von Württemberg, dem jüngsten Bruder König Friedrichs von Württemberg, als Residenz. Hier war gleichzeitig auch die Militärbesatzung untergebracht, der Heinrich im Rang eines Generalleutnants der Kavallerie vorstand. Nach seiner in Mömpelgard verbrachten Kindheit lebte er, nachdem die Familie nach Ausbruch der Französischen Revolution das Land verlassen musste, in Berlin, Wien, Oels und Breslau. Nachdem Heinrich 1798 eine morganatische Ehe mit der Schauspielerin Christine Caroline eingegangen war, quittierte er seinen Dienst als Oberst und musste für sich und seine Kinder auf eine eventuelle Thronfolge in Württemberg verzichten. Mit seinem ältesten Bruder zerstritt er sich im Lauf seines Lebens und wurde vom Hof und der Gegenwart des Königs ausgeschlossen. Bei der Bevölkerung Ulms, wo er bis zu seinem Tod lebte, genoss er hohes Ansehen.